Americano: El pelo es suave y corto, contra su cuerpo. Es la variedad más popular. Pueden ser de varios colores.
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Abisinio:el pelo es "arremolinado" estos remolinos se denominan "rosetas". Dan apariencia de "despeinados".
El pelo es áspero, ni corto ni largo. En general tienen 8 rosetas, distribuidas simétricamente.
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Rex: pelo corto, enrulado. A veces se confunde con la variedad americana Teddy, que es casi idéntico en
apariencia, pero es diferente en su genética.
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Coronet: es de pelo largo, pero tiene sólo una roseta en la frente. Necesita muchos cuidados por su pelo.
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Peruano: cobayo de pelo largo. El pelo cae sobre la carita del cobayo y alrededor de su cuerpo. Posee tres rosetas en general, dos en la cadera y otra en la cabeza. Hay varios colores posibles. Requieren cepillado y corte para mantenerlo bien, sin suciedad ni enredos.
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Sheltie- Silkie: Otra variedad de pelo largo similar a la peruana. Tiene un pelo muy sedoso y largo. Se diferencia del peruano porque el pelo no se divide en el lomo, y crece desde la cabeza hacia atrás. Tiene pelo corto en la carita.
Hay dos tipos de cobayitos sin pelo. El cobayo "Baldwin" es totalmente pelado, aunque pueden nacer con algo de pelo que se pierde cuando el cobayito crece. El otro tipo es "Skinny", tampoco tienen pelo, pero pueden tener algunas áreas de pelo en la carita, las patas, y también una fina capita de pelo en otras partes del cuerpo. El cuidado de estos cobayos es casi igual al de cualquier otro cobi, pero al no tener pelo, son un poco más sensibles a temperaturas y deben ser protegidos de las corrientes de aire y del sol directo. También tienen la tendencia de comer más para mantener su metabolismo y calor corporal. Es esencial una dieta de excelente calidad, pero esto es esencial para todos los cobis, no solo los "skinnies".
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Texel: pelo largo, ondulado, como una cruza entre un sheltie y un rex, pero con el pelo más ondulado. Los bigotes son enrulados también.
Selfs: Cobayos de un solo color: beige, negro, chocolate, crema, dorado, rojizo, blanco. Dentro de estos hay quienes clasifican los comunmente denominados "albinos", estos carecen de pigmentación, por lo que su color es completamente blanco. Actualmente algunos ni siquiera los llaman albinos sino "PEW"( cobayos blancos con ojos rojos/rosados). Otros consideran a los albinos como una variedad diferente.
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Himalayo: cobayo blanco, de pelo suave, con nariz, patas y orejas negras o color chocolate.
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Agouti: son parecidos a los cobayos "salvajes", pueden ser color canela, gris, dorado, chocolate. Parece como si estuvieran espolvoreados. Cada pelo tiene dos tonalidades del color, lo que le da esa apariencia de estar "espolvoreado".
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Satinado: pelo muy sedoso y brilloso. El brillo del pelo es el resultado de una parte ahuecada de su pelo.
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Tortoiseshell - Tortoiseshell (caparazón de tortuga) y blanco: estos cobayitos tienen áreas rectangulares diferenciadas, la primera variedad, de color rojo y negro, y la otra, de color rojo, negro y blanco, de tamaño similar y distribuídas en forma pareja en el cuerpo.
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Roan: Este cobayito tiene pelo blanco mezclado con uno o dos otros colores. Tiene pelo oscuro (ejemplo: rojo o negro) mezclado en forma pareja con el pelo blanco
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Brindle: Cobayito que tiene dos colores, rojizo y negro, distribuídos parejamente en todo el cuerpo.
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Alpaca: cobayito de pelo largo, denso y con rulos.
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Merino y bucle: "Merino" es el cobayito equivalente "enrulado" de un coronet y "bucle" el equivalente enrulado de un cobayo peruano.
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